Um importante movimento emancipacionista foi a Conjuração Baiana ou dos Alfaiates (1796), na qual a influência da Loja Maçônica “Cavaleiros da Luz” fornecia o sentido intelectualizado do movimento. Os seus líderes, Cipriano Barata, Francisco Muniz Barreto, Pe. Agostinho Gomes e tenente Hermógenses de Aguiar, contavam, no entanto, com uma boa participação de elementos provenientes das camadas populares, como os alfaiates João de Deus e Manuel Faustino dos Santos Lira ou os soldados Lucas Dantas e Luís Gonzaga das Virgens. O liberal Cipriano Barata, médico da cidade de Salvador, foi um dos grandes defensores dos ideais separatistas e republicanos no Brasil, sofrendo constantes perseguições por parte das autoridades.
Este movimento apresenta um elemento que o diferencia dos demais, ocorridos na época: o seu caráter social mais popular, propugnando pela igualdade racial e contando com uma grande participação de mulatos e negros. Em 1799, no entanto, após devassa, os principais representantes das camadas mais simples foram enforcados, tendo sido os intelectuais absolvidos.
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